2020年12月– date –

Tree-based modelの中でも性能が高いと評判のLightGBMですが、pyenv/venvを用いた仮想環境からpipでインストールしようとするとErrorが出てしまったのでその解決法について調べた内容を記載します。 【LightGBMインストール (libomp)】 何も考えずにpipでL...

FSLはFMRIB software libraryの略で、オックスフォード大学で開発されたMRI解析・統計ツールです。Structural / Functional /Diffusion MRIの前処理や解析が可能で、MacOSとLinuxで扱うことができます。本ページではFSLのインストール方法について記載しま...

脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられています。今回MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となったため、FreeSurferのmri_convertコマンドを利用しました。ANA...

MRIなどの脳画像をNifti formatで直接Pythonで読み込む際、便利なパッケージがあったため紹介します。NiBabelはマサチューセッツ工科大学で開発され、NIfTI format を含めた複数の脳画像形式に対応しています。本ページでは NIfTI format を読み込む方法を...

Pythonでライブラリをインストールする際、そのまま pip XXと導入するとライブラリの管理が煩雑になったり、ライブラリ同士が干渉したりする恐れがあります。そのため仮想環境を作成し、プロジェクトごとに必要なライブラリをインストールして使用します。...

Pythonの導入はありとあらゆるサイトで説明がありますが、新規のMacOSにPython環境構築をし直す機会があったため、できるだけシンプルに導入する方法を記載します。 2020.12.2 現在の最新versionは Python ver 3.9.0ですが、機械学習ライブラリを使用する...

医療など説明性が求められる分野においては、機械学習・分類モデルにおける特徴量の重要度評価についての検討が必要と思います。また、医学論文のStudyではデータに対して複数のモデルを作成し、比較する手法を取ることが多いです。本ページでは "scikit-l...