Python

【Sweet_report】探索的データ解析(EDA)に便利なPythonライブラリ

探索的データ解析とは 予め仮説を立てた上でデータを収集し、解析を行うことは非常に重要です。事前に仮説を設定し、得られたデータセットを用いて仮説を検証することを仮説検証的研究と言います。一方で、得られたデータセットから新たに仮説を見出...
Machine learning

【MacOS】LightGBMの導入時のエラーについて【機械学習】

Datasetに合わせて複数の古典的機械学習モデルを試そうと思い、性能が高いと評判のLightGBMにも手を出したのですが、pyenv/venvを用いた仮想環境からpipでインストールしようとするとErrorが出てしまったのでその解決法に...
FSL

【導入】FSLのインストール方法

FSLはFMRIB software libraryの略で、オックスフォード大学で開発されたMRI解析・統計ツールです。Structural / Functional /Diffusion MRIの前処理や解析が可能で、MacOSとLin...
FreeSurfer

【FreeSurfer】mri_convertを用いた脳画像formatの変換法

脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられている印象です。今回、MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となっ...
MacOS

【Nibabel】脳画像をPythonで読み込む方法

MRIなどの脳画像をNifti formatで直接Pythonで読み込む際、便利なパッケージがあったため紹介します。NiBabelはマサチューセッツ工科大学で開発され、NIfTI format を含めた複数の脳画像形式に対応しています。本...
MacOS

【venv】Pythonにおける仮想環境の設定

Pythonでライブラリをインストールする際、そのまま pip XXと導入するとライブラリの管理が煩雑になったり、ライブラリ同士が干渉したりする恐れがあります。そのため仮想環境を作成し、プロジェクトごとに必要なライブラリをインストールして...
MacOS

【Pyenv】MacOS:できるだけシンプルにPython環境構築

Pythonの導入はありとあらゆるサイトで説明がありますが、新規のMacOSにPython環境構築をし直す機会があったため、できるだけシンプルに導入する方法を記載します。 2020.12.2 現在の最新versionは Pytho...
Machine learning

【機械学習】分類モデルにおける特徴量の重要度評価

医療など説明性が求められる分野においては、機械学習・分類モデルにおける特徴量の重要度評価についての検討が必要と思います。また、医学論文のStudyではデータに対して複数のモデルを作成し、比較する手法を取ることが多いです。 本ページで...
FreeSurfer

【FreeSurfer】Correlation Analysisについて

前回記事である【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1, 【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2ではグループ間の...
Image format

【MRIcroGL】インストール方法・使い方

MRIcroGLでは複数の画像形式で2Dスライス表示とレンダリング表示が可能です。また、DICOM画像をNIfTI formatに変換するdcm2niixを搭載しています。本ページではMRIcroGLのインストール方法と使い方を解説します...
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