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SPM
【CAT12】Surface-based morphometryの手順について
CAT12を用いてSurface-based morphometry(SBM)を行う手順を解説します。データの前処理は前ページを確認してください。 公式サイトはこちら 【Surface resample】 前処理(segmentation)を行ったデータの中に、[lh/rh].thicknessという皮質厚データがありま... -
SPM
【CAT12】データ前処理の手順・外れ値の評価
表面形態計測法である surface-based morphometry (SBM)が脳表の解析において、voxcel-based morphometry (VBM)より詳細に形態情報を評価できるとの報告があリます。FreeSurferを用いたSBMは以前に記載しましたが、CAT12を用いることでGUI上で解析可能との... -
SPM
SPM拡張ツール”CAT12″の導入方法まとめ
CATはJena University Hospitalで開発されたSPM12の拡張パッケージで、脳画像解析においてVoxel-based morphometry (VBM), Surface-based morphometry (SBM), Deformation-based morphometry (DBM), Region- or Label-based morphometry (RBM)が可能です。... -
FreeSurfer
【FreeSurfer】海馬サブフィールド・扁桃体のセグメンテーション
本ページではFreeSurfer 7.0でリリースされた海馬・扁桃体のセグメンテーションを行うモジュールについて解説します。 1. Recon-allされたT1強調画像のみを使用2. 複数の画像データを用いる(ex. T1WIに加えてT2WIを追加する)3. T1強調画像の縦断的解析を... -
Python
【Pyenv】globalが反映されない時のトラブルシューティング
PyenvはPythonのバージョンを簡易に変更することができるソフトウェアです。 % Python global 3.X.X 上記コマンドでPythonのバージョンを変更できますが、実際に確認してみると % python -V>> 2.X.X 指定したバージョンとは違うバージョンが表示され... -
Python
【Zsh環境】Pyenvを用いたPythonのバージョン切り替え
Pyenvは有名なPythonのVersionを切り替えるためのソフトウェアです。MacOS Catalina以前の環境(bash shell)で使用していましたが、アップデートに伴い環境設定を再度行う必要がありましたので、まとめ直しました。 使用環境:MacOS Monterey Intel Core i... -
Python
【Sweet_report】探索的データ解析(EDA)に便利なPythonライブラリ
【探索的データ解析とは】 予め仮説を立てた上でデータを収集し、解析を行うことは非常に重要です。事前に仮説を設定し、得られたデータセットを用いて仮説を検証することを仮説検証的研究と言います。一方で、得られたデータセットから新たに仮説を見出そ... -
Machine learning
【MacOS】LightGBMの導入時のエラーについて【機械学習】
Tree-based modelの中でも性能が高いと評判のLightGBMですが、pyenv/venvを用いた仮想環境からpipでインストールしようとするとErrorが出てしまったのでその解決法について調べた内容を記載します。 【LightGBMインストール (libomp)】 何も考えずにpipでL... -
FSL
【導入】FSLのインストール方法
FSLはFMRIB software libraryの略で、オックスフォード大学で開発されたMRI解析・統計ツールです。Structural / Functional /Diffusion MRIの前処理や解析が可能で、MacOSとLinuxで扱うことができます。本ページではFSLのインストール方法について記載しま... -
FreeSurfer
【FreeSurfer】mri_convertを用いた脳画像formatの変換法
脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられています。今回MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となったため、FreeSurferのmri_convertコマンドを利用しました。ANA...