Image Analysis– category –
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【DICOM/NIfTI】MR画像解析に用いるフォーマットについて
MRI解析を行う際、NIfTI formatを用いることがスタンダードとされています。画像撮像装置（CT・MRI etc.）で撮影されたファイルは通常 DICOM形式となるはずです。本ページでは画像ファイルに関する前提知識（DICOM・NIfTI）について簡単に説明します。違い... -
【FreeSurfer】複数のRecon-allを並行して行う方法
FreeSurferでの解析を行う場合 [ Recon-all ] コマンドによるサブジェクトの生成が必要ですが、一つのサブジェクトを生成するためには15時間前後の長い時間を要するため、データ全体の解析には非常に時間がかかります。しかし[ Parallel ] コマンドを使用... -
【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2
前ページでは下記リストの1-2まで完了しました。本ページでは 3 の出力データ生成について解説します。今回はFSDGファイルを参照し、[ mris_preproc ] 及び [ mri_surf2surf ]コマンドを用いてサブジェクトファイルを1つのファイルに連結すること、 [ mri_... -
【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1
脳皮質の形態解析では、従来のVoxel-based morphometryよりもSurface-based morphometry (Surface group analysis)を用いることでより詳細な解析が可能とされています。Surface-based morphometry をFreeSurferで行う場合、QDEC(Query, Design, Estimate, ... -
【FreeSurfer】サブジェクトから統計ファイルを作成する方法
本ページではFreeSurferにおいてセグメンテーションされた体積やパーセレーションされた皮質厚・皮質表面積などをTableとして出力する方法を説明します。Subjectの生成方法については前ページ【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1 を参... -
【FreeView】FreeSurferインストール後に行うべきこと #3
前ページ：【FreeView①】FreeSurferインストール後に行うべきこと #2 前回は Recon-all 後の Subject が正確に前処理できているか、freeviewを用いて確認しました。今回は皮質のParcellationについて、別のコマンドでfreeviewから確認します。 freeview -f... -
【FreeView】FreeSurferインストール後に行うべきこと #2
前ページ：【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1 前回、FreeSurferを用いてMRIデータに Recon-allコマンドを用いてSubjectを作成できたと思います。今回はSubjectの内容を確認してみましょう。確認にはFreeviewというGUIを用います。以... -
【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1
前ページ：【導入】FreeSurferのインストール方法 FreeSurferのインストールが完了した後にまず行うことは、FreeSurferで Recon-all を行うことです。Recon-all コマンドによりMRIデータの前処理や Segmentation 及び Labeling を一括で行うことができます... -
【導入】FreeSurferのインストール方法
FreeSurferはハーバード大学で開発されたMRIの解析・分析を行うことができるコマンドベースのソフトです。前処理、皮質の再構成とLabeling、皮質下のSegmentationなどのデータ解析を簡便に行うことができます。 Structural MRI 以外にもFunctional MRIやDi...
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