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【FreeSurfer】mri_convertを用いた脳画像formatの変換法
脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられています。今回MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となったため、FreeSurferのmri_convertコマンドを利用しました。ANA... -
【Nibabel】脳画像をPythonで読み込む方法
MRIなどの脳画像をNifti formatで直接Pythonで読み込む際、便利なパッケージがあったため紹介します。NiBabelはマサチューセッツ工科大学で開発され、NIfTI format を含めた複数の脳画像形式に対応しています。本ページでは NIfTI format を読み込む方法を... -
【MRIcroGL】インストール方法・使い方
MRIcroGLでは複数の画像形式で2Dスライス表示とレンダリング表示が可能です。また、DICOM画像をNIfTI formatに変換するdcm2niixを搭載しています。本ページではMRIcroGLのインストール方法と使い方を解説します。 【MRIcroGLのインストール方法】 MRIcroGL... -
【DICOM/NIfTI】MR画像解析に用いるフォーマットについて
MRI解析を行う際、NIfTI formatを用いることがスタンダードとされています。画像撮像装置（CT・MRI etc.）で撮影されたファイルは通常 DICOM形式となるはずです。本ページでは画像ファイルに関する前提知識（DICOM・NIfTI）について簡単に説明します。違い... -
【FreeSurfer】複数のRecon-allを並行して行う方法
FreeSurferでの解析を行う場合 [ Recon-all ] コマンドによるサブジェクトの生成が必要ですが、一つのサブジェクトを生成するためには15時間前後の長い時間を要するため、データ全体の解析には非常に時間がかかります。しかし[ Parallel ] コマンドを使用... -
【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1
前ページ：【導入】FreeSurferのインストール方法 FreeSurferのインストールが完了した後にまず行うことは、FreeSurferで Recon-all を行うことです。Recon-all コマンドによりMRIデータの前処理や Segmentation 及び Labeling を一括で行うことができます...
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