MRI解析を行う際、NIfTI formatを用いることがスタンダードとされています。
画像撮像装置（CT・MRI etc.）で撮影されたファイルは通常 DICOM形式となるはずです。
本ページでは画像ファイルに関する前提知識（DICOM・NIfTI）について簡単に説明します。
違いを確認した上でNIfTIへの変換方法や表示・解析について進みます。
DICOM・NIfTIとは？
まずは元データであるDICOMについてです。
DICOMはDigital Imaging and Communications in Medicineの頭文字で、「ダイコム」と読みます。CT・MRI・内視鏡・超音波などの医用画像診断装置、医用画像プリンタ、医用画像システム、医療情報システムなどの間でデジタル画像データや関連する診療データを通信したり、保存したりする方法を定めた国際標準規格です。
https://www.array.co.jp/tutorial/dicom/
CTやMRIといった画像撮像装置(モダリティ)で撮像した際、通信や保存、
PACS(Picture Archiving and Communication Systems)などでデータを出力する際にDICOMが用いられます。
DICOMでは1スライス＝1ファイルであるため1症例が複数のファイルによって構成されています。
また画像情報（ピクセルデータ）だけでなく患者情報や
撮影条件といった検査に関する情報（付帯情報）も含まれています。
DICOM( .dcm )は医用画像の共通フォーマットであるため、
研究の際にはAnalyze format ( .hdr + .img )あるいはNIfTI format( .nii )への変換が必要されています。
近年では後者( NIfTI )を用いることがスタンダードとなっています。
NIfTIとは「The Neuroimaging Informatics Technology Initiative」の省略形である。NifTIは研究目的で脳画像（主にMR画像）の解析用ツールの標準化と普及を目的としたコンソーシアムであり、NIH（NIMHとNIND）の支援を受けている。
https://sites.google.com/site/niinfncgg/references/mr_imaging/fmri/fmri_methods/imagehandling/nifti-format
NIfTI formatはより多くのヘッダー情報を含んでおり、
かつDICOMと違って1シリーズ＝1ファイルとして扱うことが可能です。
DICOM → NIfTI formatへの変換・表示
GUIベースでDICOMからNIfTI formatに変換できるものとして下記の3つが有名です。
- MRIcroGL (dcm2niix)
- MRIconvert
- SPM12
MRIcroGL/dcm2niix は MRIcron/dcm2nii の後継ソフトです。
MRIcronは開発が終了しているため、MRIcroGLを利用してください。
DICOM to NIfTIの変換の際は一番よく使用しています。
こちらからインストールできます。
インストール方法は該当ページ：【MRIcroGL】インストール方法・使い方 を参照してください。
MRIconvertはDICOMファイルを一括で変換でき、ファイルの分類もスムーズです。
こちらからインストールできます。
SPM12はMATLAB上で作動するソフトです。
K-Labで非常に分かりやすく説明されています。
コメント