HAL

MacOS

【Pyenv】globalが反映されない時のトラブルシューティング

PyenvはPythonのバージョンを簡易に変更することができるソフトウェアです。 % Python global 3.X.X 上記コマンドでPythonのバージョンを変更できますが、実際に確認してみると % pytho...
MacOS

【Zsh環境】Pyenvを用いたPythonのバージョン切り替え

Pyenvは有名なPythonのVersionを切り替えるためのソフトウェアです。MacOS Catalina以前の環境(bash shell)で使用していましたが、アップデートに伴い環境設定を再度行う必要がありましたので、まとめ直しまし...
Deep Learning

【ABiS】第10回 ABiS脳画像解析チュートリアル

生理学研究所、東京大学、順天堂大学、ABiSが主催している「第10回脳画像チュートリアル」が2021年12月18日〜19日に開催されます。 第10回はPythonを用いた脳画像解析とDeep learningについてオンライン上でチ...
Python

【Sweet_report】探索的データ解析(EDA)に便利なPythonライブラリ

探索的データ解析とは 予め仮説を立てた上でデータを収集し、解析を行うことは非常に重要です。事前に仮説を設定し、得られたデータセットを用いて仮説を検証することを仮説検証的研究と言います。一方で、得られたデータセットから新たに仮説を見出...
Machine learning

【MacOS】LightGBMの導入時のエラーについて【機械学習】

Datasetに合わせて複数の古典的機械学習モデルを試そうと思い、性能が高いと評判のLightGBMにも手を出したのですが、pyenv/venvを用いた仮想環境からpipでインストールしようとするとErrorが出てしまったのでその解決法に...
FSL

【導入】FSLのインストール方法

FSLはFMRIB software libraryの略で、オックスフォード大学で開発されたMRI解析・統計ツールです。Structural / Functional /Diffusion MRIの前処理や解析が可能で、MacOSとLin...
FreeSurfer

【FreeSurfer】mri_convertを用いた脳画像formatの変換法

脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられている印象です。今回、MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となっ...
MacOS

【Nibabel】脳画像をPythonで読み込む方法

MRIなどの脳画像をNifti formatで直接Pythonで読み込む際、便利なパッケージがあったため紹介します。NiBabelはマサチューセッツ工科大学で開発され、NIfTI format を含めた複数の脳画像形式に対応しています。本...
MacOS

【venv】Pythonにおける仮想環境の設定

Pythonでライブラリをインストールする際、そのまま pip XXと導入するとライブラリの管理が煩雑になったり、ライブラリ同士が干渉したりする恐れがあります。そのため仮想環境を作成し、プロジェクトごとに必要なライブラリをインストールして...
MacOS

【Pyenv】MacOS:できるだけシンプルにPython環境構築

Pythonの導入はありとあらゆるサイトで説明がありますが、新規のMacOSにPython環境構築をし直す機会があったため、できるだけシンプルに導入する方法を記載します。 2020.12.2 現在の最新versionは Pytho...
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