【CAT12】Surface-based morphometryの手順について

CAT12を用いてSurface-based morphometry(SBM)を行う手順を解説します。データの前処理は前ページを確認してください。

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Surface resample

前処理(segmentation)を行ったデータの中に、[lh/rh].thicknessという皮質厚データがあります。それらをSBMに用いるため、リサンプリングを行います。

上記をクリックして”[lh/rh].thickness.*”を入力しましょう。”s12.mesh.thickness.resampled_32k.*.dat/gii”が出力されていることがわかります。FWHM (Full Width at Half Maximum:半値全幅)を12mmに設定したため、s12と出力されており、設定値に応じて数字が変わります。

Surface-based morphometry

次に、”Statistical Analysis”から”Basec Models”を選択します。

Two-samples t-testを行うために下記のように設定します。

Directry

解析を行うディレクトリを設定します。

Design

クリックして”Two-sample t-test”を選択しましょう。デフォルトでは”Any cross-sectional data”が選択されています。

Group 1 scans / Group 2 scans

各群のResample surface dataを選択しましょう。

“s12.mesh.thickness.resampled_32k.[name].gii”を入力します。

Threshold masking

None(i.e. for surface data)を選択します。

Correction of TIV

Surface dataではTIV補正は必要ないため、Noを選択します。

左上のボタンから実行しましょう。下記のようなウィンドウが表示されます。

出力先に選択したディレクトリに”SPM.mat”ファイルが出力されていることがわかります。

結果の確認

SPM12:Menuより”Estimate”をクリックし、出力された”SPM.mat”を選択しましょう。その後、”Results”をクリックし同様に”SPM.mat”を選択します。

Contrastの設定を要求されるので、”Define contrast”を開き、contrast: 1 -1と設定します。

contrastの名称や数値は適宜変更してください。

作成したcontrastを選択し”Done”をクリックします。次に”apply masking”を設定できるので、ここは”none”とします。””p value adjustment to control”は”none”を選択し、こちらも”threshold {T or p value}”は”0.001″で設定します。上記の条件で2群間に有意差があれば、Graphics内にClusterが表示されます。

これでSBM解析は以上です。パラメータはデフォルトで設定し、t検定のみの手順を確認しました。

都度、Studyに合わせて調整をお願いします。