【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1

FreeSurfer

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FreeSurferのインストールが完了した後にまず行うことは、FreeSurferで Recon-all を行うことです。Recon-all コマンドによりMRIデータの前処理や Segmentation 及び Labeling を一括で行うことができます。Recon-allコマンドを使用して、MRIデータから解析に用いるSubjectを作るのが First-stepです。

FreeSurfer wikiの Recon-all 解説は以下のリンクから飛べます。

recon-all – FreeSurfer

Subjectについて

FreeSurferではMRIを解析する(ex. Recon-all)ことで【Subject】を生成します。1症例のMRIデータから1つのSubjectが生成されます。Subject内には複数の Labeling data や再構成された皮質データなどが含まれます。前回コピーした home > freesurfer > subjects 内には Sample subject として最初から bert というファイルがあります。

使用するデータは subjects 内にコピーしてください。3DT1WI (ex.MPRAGE)を用います。データ形式はNIfTIファイルが望ましいです。DICOMファイルでも可能ですが、他のデータ処理も含めDICOMファイルをNiftiファイルに変換する方が良いと思います。

DICOMからNIfTIへの変換はMRIcroGLに搭載されているdcm2niixを推奨します。MRIcroGLの使い方はこちらのサイトから確認してください。

Recon-allの手順

subjects 内に該当するNiftiファイルをコピーした状態で下記のコマンドを入力してください。test001の部分は使用するデータに合わせて適宜変更が必要です。ファイル名とサブジェクト名を同じ名称にしておくと混乱しにくいと思います。

cd $SUBJECTS_DIR
recon-all -s test001 -i test001.nii -all

recon-all -s 【サブジェクト名】 -i 【イメージ名(使用するNiftiファイル名)】 -all

補足:cd (current directry)とは現在対象とするファイル名を指定するコマンドであり、$SUNJECTS_DIRは前ページで設定したようにhomeフォルダ内のsubjectsフォルダを指します。

MRIデータをコピーしたフォルダを開くためのコマンドで、Recon-allに限らずターミナル上で作業する際は必要に応じて同様のコマンドを使用する必要があります。

cd $SUBJECTS_DIR の代わりに開きたいファイルを右クリックし、[ フォルダに新規ターミナル ] を選択することで、直接Current directryを指定することもできます。

Recon-allコマンドを打ち込むと下記のように処理が進んでいきます。広範な脳梗塞や脳腫瘍があるとエラーが生じ解析がストップすることがあります。解析自体は一症例あたり8-15時間ほどかかります。症例によってかかる時間に差がある印象です。

筆者の作業環境:MacBookPro 2.3GHz クアッドコアIntel Core i7 メモリ32GB

終了後に下記のような画面が出ていることを確認してください。

Subjectは一症例あたり300-500MBほどの容量があるため、HDDの空き容量に注意してください。解析したSubjectはFreeviewを用いて適切にSegmentation及びParcellationが行われているか確認してください。

FreeViewの使用方法は次ページで解説します。

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