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本ページではFreeSurfer 7.0でリリースされた海馬・扁桃体のセグメンテーションを行うモジュールについて解説します。 1. Recon-allされたT1強調画像のみを使用2. 複数の画像データを用いる（ex. T1WIに加えてT2WIを追加する）3. T1強調画像の縦断的解析を...

脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられています。今回MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となったため、FreeSurferのmri_convertコマンドを利用しました。ANA...

前回記事である【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1, 【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2ではグループ間の比較(=Group analysis)を行いました。本ページでは相関分析(=Correlation analysis)について説明...

FreeSurferでの解析を行う場合 [ Recon-all ] コマンドによるサブジェクトの生成が必要ですが、一つのサブジェクトを生成するためには15時間前後の長い時間を要するため、データ全体の解析には非常に時間がかかります。しかし[ Parallel ] コマンドを使用...

前ページでは下記リストの1-2まで完了しました。本ページでは 3 の出力データ生成について解説します。今回はFSDGファイルを参照し、[ mris_preproc ] 及び [ mri_surf2surf ]コマンドを用いてサブジェクトファイルを1つのファイルに連結すること、 [ mri_...

脳皮質の形態解析では、従来のVoxel-based morphometryよりもSurface-based morphometry (Surface group analysis)を用いることでより詳細な解析が可能とされています。Surface-based morphometry をFreeSurferで行う場合、QDEC(Query, Design, Estimate, ...

本ページではFreeSurferにおいてセグメンテーションされた体積やパーセレーションされた皮質厚・皮質表面積などをTableとして出力する方法を説明します。Subjectの生成方法については前ページ【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1 を参...

前ページ：【FreeView①】FreeSurferインストール後に行うべきこと #2 前回は Recon-all 後の Subject が正確に前処理できているか、freeviewを用いて確認しました。今回は皮質のParcellationについて、別のコマンドでfreeviewから確認します。 cd $SUBJECT...

前ページ：【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1 前回、FreeSurferを用いてMRIデータに Recon-allコマンドを用いてSubjectを作成できたと思います。今回はSubjectの内容を確認してみましょう。確認にはFreeviewというGUIを用います。以...

前ページ：【導入】FreeSurferのインストール方法 FreeSurferのインストールが完了した後にまず行うことは、FreeSurferで Recon-all を行うことです。Recon-all コマンドによりMRIデータの前処理や Segmentation 及び Labeling を一括で行うことができます...