【FreeView】FreeSurferインストール後に行うべきこと #3

FreeSurfer

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前回は Recon-all 後の Subject が正確に前処理できているか、freeviewを用いて確認しました。今回は皮質のParcellationについて、別のコマンドでfreeviewから確認します。

cd $SUBJECTS_DIR
freeview -f  test001/surf/lh.pial:annot=aparc.annot:name=pial_aparc:visible=0 \
test001/surf/lh.pial:annot=aparc.a2009s.annot:name=pial_aparc_des:visible=0 \
test001/surf/lh.inflated:overlay=lh.thickness:overlay_threshold=0.1,3::name=inflated_thickness:visible=0 \
test001/surf/lh.inflated:visible=0 \
test001/surf/lh.white:visible=0 \
test001/surf/lh.pial \
--viewport 3d

例に漏れず、[ test001 ] は自身のsubject名に置換してください。コマンドを入力すると以下のようにfreeview が立ち上がります。

皮質を再構成した3D viewの lh : left hemisphere が表示されています。[ lh.pial ] のチェックを外し、図中・赤矢印の [ pial_aparc_des ] または [ pial_aparc ] にチェックを入れて、皮質のParcellationが行われていることを確認してください。

[ pial_aparc_des ]は Destrieux アトラスで、[ pial_aparc ]は Desikan-Killiany アトラスで作成された皮質 Parcellation 画像です。CorticalParcellation | FreeSurfer wiki

下記のような画像を確認できます。

皮質のTopological defects を修正する方法については別ページで説明します。

本家サイトのこちらも確認してください。

参照:FsTutorialOutputData_freeview

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