2022年– date –
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SPM
【CAT12】Surface-based morphometryの手順について
CAT12を用いてSurface-based morphometry(SBM)を行う手順を解説します。データの前処理は前ページを確認してください。 公式サイトはこちら 【Surface resample】 前処理(segmentation)を行ったデータの中に、[lh/rh].thicknessという皮質厚データがありま... -
SPM
【CAT12】データ前処理の手順・外れ値の評価
表面形態計測法である surface-based morphometry (SBM)が脳表の解析において、voxcel-based morphometry (VBM)より詳細に形態情報を評価できるとの報告があリます。FreeSurferを用いたSBMは以前に記載しましたが、CAT12を用いることでGUI上で解析可能との... -
SPM
SPM拡張ツール”CAT12″の導入方法まとめ
CATはJena University Hospitalで開発されたSPM12の拡張パッケージで、脳画像解析においてVoxel-based morphometry (VBM), Surface-based morphometry (SBM), Deformation-based morphometry (DBM), Region- or Label-based morphometry (RBM)が可能です。... -
FreeSurfer
【FreeSurfer】海馬サブフィールド・扁桃体のセグメンテーション
本ページではFreeSurfer 7.0でリリースされた海馬・扁桃体のセグメンテーションを行うモジュールについて解説します。 1. Recon-allされたT1強調画像のみを使用2. 複数の画像データを用いる(ex. T1WIに加えてT2WIを追加する)3. T1強調画像の縦断的解析を... -
Python
【Pyenv】globalが反映されない時のトラブルシューティング
PyenvはPythonのバージョンを簡易に変更することができるソフトウェアです。 % Python global 3.X.X 上記コマンドでPythonのバージョンを変更できますが、実際に確認してみると % python -V>> 2.X.X 指定したバージョンとは違うバージョンが表示され... -
Python
【Zsh環境】Pyenvを用いたPythonのバージョン切り替え
Pyenvは有名なPythonのVersionを切り替えるためのソフトウェアです。MacOS Catalina以前の環境(bash shell)で使用していましたが、アップデートに伴い環境設定を再度行う必要がありましたので、まとめ直しました。 使用環境:MacOS Monterey Intel Core i...
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