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【FreeSurfer】mri_convertを用いた脳画像formatの変換法
脳画像formatの変換で一番利用されているのはDICOMからNIfTIの変換であり、dcm2niixがよく用いられています。今回MRIcloudを利用するにあたって、NIfTIからANALYZE formatへの変換が必要となったため、FreeSurferのmri_convertコマンドを利用しました。ANA... -
【Nibabel】脳画像をPythonで読み込む方法
MRIなどの脳画像をNifti formatで直接Pythonで読み込む際、便利なパッケージがあったため紹介します。NiBabelはマサチューセッツ工科大学で開発され、NIfTI format を含めた複数の脳画像形式に対応しています。本ページでは NIfTI format を読み込む方法を... -
【venv】Pythonにおける仮想環境の設定
Pythonでライブラリをインストールする際、そのまま pip XXと導入するとライブラリの管理が煩雑になったり、ライブラリ同士が干渉したりする恐れがあります。そのため仮想環境を作成し、プロジェクトごとに必要なライブラリをインストールして使用します。... -
【Pyenv】MacOS：できるだけシンプルにPython環境構築
Pythonの導入はありとあらゆるサイトで説明がありますが、新規のMacOSにPython環境構築をし直す機会があったため、できるだけシンプルに導入する方法を記載します。 2020.12.2 現在の最新versionは Python ver 3.9.0ですが、機械学習ライブラリを使用する... -
【機械学習】分類モデルにおける特徴量の重要度評価
医療など説明性が求められる分野においては、機械学習・分類モデルにおける特徴量の重要度評価についての検討が必要と思います。また、医学論文のStudyではデータに対して複数のモデルを作成し、比較する手法を取ることが多いです。本ページでは "scikit-l... -
【FreeSurfer】Correlation Analysisについて
前回記事である【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1, 【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2ではグループ間の比較(=Group analysis)を行いました。本ページでは相関分析(=Correlation analysis)について説明... -
【MRIcroGL】インストール方法・使い方
MRIcroGLでは複数の画像形式で2Dスライス表示とレンダリング表示が可能です。また、DICOM画像をNIfTI formatに変換するdcm2niixを搭載しています。本ページではMRIcroGLのインストール方法と使い方を解説します。 MRIcroGLのインストール方法 MRIcroGLのイ... -
【DICOM/NIfTI】MR画像解析に用いるフォーマットについて
MRI解析を行う際、NIfTI formatを用いることがスタンダードとされています。画像撮像装置（CT・MRI etc.）で撮影されたファイルは通常 DICOM形式となるはずです。本ページでは画像ファイルに関する前提知識（DICOM・NIfTI）について簡単に説明します。違い... -
【Homebrew】インストール方法・使い方
Homebrewとは？ HomebrewはMacOSにおけるパッケージ管理ソフトであり、コマンド1行でパッケージをインストール・管理することができます。 2020年11月に発売されたMac M1(Apple Silicon)ではhomebrewのインストール方法が異なりますので、別サイトをご参照... -
【FreeSurfer】複数のRecon-allを並行して行う方法
FreeSurferでの解析を行う場合 [ Recon-all ] コマンドによるサブジェクトの生成が必要ですが、一つのサブジェクトを生成するためには15時間前後の長い時間を要するため、データ全体の解析には非常に時間がかかります。しかし[ Parallel ] コマンドを使用...
