Image format

【DICOM/NIfTI】MR画像解析に用いるフォーマットについて

MRI解析を行う際、NIfTI formatを用いることがスタンダードとされています。画像撮像装置(CT・MRI etc.)で撮影されたファイルは通常 DICOM形式となっているはずです。本ページでは画像ファイルに関する前提知識(DICO...
MacOS

【Homebrew】インストール方法・使い方

Homebrewとは? HomebrewはMacOSにおけるパッケージ管理ソフトであり、コマンド1行でパッケージをインストール・管理することができます。 2020年11月に発売されたMac M1(Apple Silicon)...
FreeSurfer

【FreeSurfer】複数のRecon-allを並行して行う方法

FreeSurferでの解析を行う場合 コマンドによるサブジェクトの生成が必要ですが、一つのサブジェクトを生成するためには15時間前後の長い時間を要するため、データ全体の解析には非常に時間がかかります。 しかし コマンドを使用し、...
FreeSurfer

【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2

前ページでは下記リストの1-2まで完了しました。本ページでは 3 の出力データ生成について解説します。今回はFSDGファイルを参照し、 及び コマンドを用いてサブジェクトファイルを1つのファイルに連結すること、 コマンドを用いて線形モデル...
FreeSurfer

【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1

脳皮質の形態解析では、従来のVoxel-based morphometryよりもSurface-based morphometry (Surface group analysis)を用いることでより詳細な解析が可能とされています。 ...
FreeSurfer

【FreeSurfer】サブジェクトから統計ファイルを作成する方法

本ページではFreeSurferで解析し生成した Subject 内の セグメンテーションされた体積 及び パーセレーションされた皮質厚・皮質表面積などをTableとして出力する方法を説明します。 Subjectの生成方法については...
FreeSurfer

【FreeView】FreeSurferインストール後に行うべきこと #3

前ページ:【FreeView①】FreeSurferインストール後に行うべきこと #2 前回は Recon-all 後の Subject が正確に前処理できているか、freeviewを用いて確認しました。今回は皮質のParcella...
FreeSurfer

【FreeView】FreeSurferインストール後に行うべきこと #2

前ページ:【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1 前回、FreeSurferを用いてMRIデータに Recon-allコマンドを用いてSubjectを作成できたと思います。今回はSubjectの...
FreeSurfer

【Recon-all】FreeSurferインストール後に行うべきこと #1

前ページ:【導入】FreeSurferのインストール方法 FreeSurferのインストールが完了した後にまず行うことは、FreeSurferで Recon-all を行うことです。Recon-all コマンドによりMRIデータの...
FreeSurfer

【導入】FreeSurferのインストール方法

FreeSurferはハーバード大学で開発されたMRIの解析・分析を行うことができるコマンドベースのソフトです。 前処理、皮質の再構成とLabeling、皮質下のSegmentationなどの解析やデータ分析を比較的簡便に行うことが...
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