MacOS 【Pyenv】MacOS：できるだけシンプルにPython環境構築
Pythonの導入はありとあらゆるサイトで説明がありますが、新規のMacOSにPython環境構築をし直す機会があったため、できるだけシンプルに導入する方法を記載します。
2020.12.2 現在の最新versionは Pytho...
MacOS 
Machine learning 【機械学習】分類モデルにおける特徴量の重要度評価
医療など説明性が求められる分野においては、機械学習・分類モデルにおける特徴量の重要度評価についての検討が必要と思います。また、医学論文のStudyではデータに対して複数のモデルを作成し、比較する手法を取ることが多いです。
本ページで...
FreeSurfer 【FreeSurfer】Correlation Analysisについて
前回記事である【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1, 【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2ではグループ間の...
Image format 【MRIcroGL】インストール方法・使い方
MRIcroGLでは複数の画像形式で2Dスライス表示とレンダリング表示が可能です。また、DICOM画像をNIfTI formatに変換するdcm2niixを搭載しています。本ページではMRIcroGLのインストール方法と使い方を解説します...
Image format 【DICOM/NIfTI】MR画像解析に用いるフォーマットについて
MRI解析を行う際、NIfTI formatを用いることがスタンダードとされています。画像撮像装置（CT・MRI etc.）で撮影されたファイルは通常 DICOM形式となっているはずです。本ページでは画像ファイルに関する前提知識（DICO...
MacOS 【Homebrew】インストール方法・使い方
Homebrewとは？
HomebrewはMacOSにおけるパッケージ管理ソフトであり、コマンド1行でパッケージをインストール・管理することができます。
2020年11月に発売されたMac M1(Apple Silicon)...
FreeSurfer 【FreeSurfer】複数のRecon-allを並行して行う方法
FreeSurferでの解析を行う場合 コマンドによるサブジェクトの生成が必要ですが、一つのサブジェクトを生成するためには15時間前後の長い時間を要するため、データ全体の解析には非常に時間がかかります。
しかし コマンドを使用し、...
FreeSurfer 【mris_glmfit】FreeSurferを用いたSurface group analysis #2
前ページでは下記リストの1-2まで完了しました。本ページでは 3 の出力データ生成について解説します。今回はFSDGファイルを参照し、 及び コマンドを用いてサブジェクトファイルを1つのファイルに連結すること、 コマンドを用いて線形モデル...
FreeSurfer 【FSGD file】FreeSurferを用いたSurface group analysis #1
脳皮質の形態解析では、従来のVoxel-based morphometryよりもSurface-based morphometry (Surface group analysis)を用いることでより詳細な解析が可能とされています。
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FreeSurfer 【FreeSurfer】サブジェクトから統計ファイルを作成する方法
本ページではFreeSurferで解析し生成した Subject 内の セグメンテーションされた体積 及び パーセレーションされた皮質厚・皮質表面積などをTableとして出力する方法を説明します。
Subjectの生成方法については...